В 1998 г. приказом Председателя ГТК от 28 ноября 1998 г. «О создании таможен­ной инспекции и об утверждении времен­ного положения о таможенной инспекции» в ГТК была образо­вана Таможенная инспекция, а в таможнях подразделения таможенной инспекции.

Первым документом, регламентирую­щим инспекционную деятельность подраз­делений таможенной инспекции, явился приказ Председателя ГТК от 28 января 1999 г. «Об утверждении Инструкции о порядке организации и проведения прове­рок (ревизий) финансово-хозяйственной деятельности».

В 1999 г. в таможенной службе Респуб­лики Беларусь на всех таможнях были созданы 12 отделов и 5 групп таможенной инспекции, в которых на конец 1999 г. насчи­тывалось 65 человек.  

На протяжении последующих лет тамо­женная инспекция претерпела значитель­ные изменения.

В 2000 г. была проведена в системе таможенных органов реорганиза­ция подразделений таможенной инспек­ции, в результате которой на региональном уровне были сформированы отделы таможен­ной инспекции в 8 таможнях (Брестской, Витебской, Гомельской, ГРТ, МРТ, Могилевской, Мозырской, Полоц­кой) которые насчи­тывали 68 сотрудников, а также отдел специальных таможен­ных проверок в МЦТ. Основными задачами отделов таможенной инспекции являлось обеспечение соблюдения таможенного законодательства путем органи­зации и проведения проверок финансово- хозяйственной деятельности субъектов хозяйствования.

В центральном аппарате ГТК организация и координация инспекционной деятельности осуществлялась Таможенной инспекцией ГТК, которую с момента образования и до 2012 г. возглавляли: С.Ф. Клименкова, А.В. Михалькевич, С.А. Полудень, Н.П. Бурш, Е.И. Бабуль.

В 2012г. Таможенная инспекция ГТК была реорганизована в Управление организации посттаможенного контроля ГТК. Основными функциями данного подразделения помимо организации таможенных проверок, являлись организация и координация проведения форм таможенного контроля после выпуска товаров в целях обеспечения соблюдения таможенного законодательства Таможенного союза и законодательства Республики Беларусь, контроль за исполнением которого возложен на таможенные органы.

C октября 2017 г. в результате произошедшей оптимизации системы таможенных органов  управление организации посттаможенного контроля реорганизовано путем объединения с управлением борьбы с контрабандой и административными таможенными правонарушениями, на основе которых сформировано главное управление организации борьбы с контрабандой и посттаможенного контроля.

Функции организации проведения посттаможенного контроля возложены на отдел организации посттаможенного контроля.