Организация ведомственного контроля Государственного таможенного комитета осуществляется в соответствии с требованиями Указов Президента Республики Беларусь от 16 октября 2009 года № 510 «О совершенствовании контрольной (надзорной) деятельности в Республике Беларусь» и от 22 июня 2010 года № 325 «О ведомственном контроле в Республике Беларусь».

Приказом Председателя ГТК Республики Беларусь от 29 июля 2010 года № 266-ОД утверждена Инструкция о порядке осуществления ведомственного контроля в таможенных органах Республики Беларусь, государственных организациях, подчиненных Государственному таможенному комитету Республики Беларусь. 

Также данной Инструкцией определен порядок организации и проведения мероприятий по наблюдению, анализу, оценке, установлению причинно – следственных связей и прогнозированию факторов, влияющих на результаты деятельности организаций.

Для реализации в рамках ведомственного контроля составляющей предупредительного характера с использованием профилактических мер, направленных на предотвращение правонарушений в деятельности подчиненных организаций, и в целях обеспечения системной организации проведения мониторингов:

в Инструкцию о порядке осуществления ведомственного контроля в таможенных органах Республики Беларусь, государственных организациях, подчиненных Государственному таможенному комитету Республики Беларусь, внесены соответствующие изменения о порядке планирования мониторингов (утверждены приказом Председателя Государственного таможенного комитета от 14 ноября 2011 года № 479 – ОД);

составлен План основных мероприятий по наблюдению, анализу, оценке, установлению  причинно – следственных связей и прогнозированию факторов, влияющих на результаты деятельности подчиненных организаций (мониторинг) на 2012 год (утвержден приказом Председателя Государственного таможенного комитета от 6 декабря 2011 года № 520 - ОД).